Частой проблемой, сопутствующей процессу хранения образцов для генетического тестирования является разрушение РНК. Секвенирование РНК(RNA-seq) - это эффективный инструмент для молекулярных биологов, исследующих механизмы развития заболеваний.
RNA-seq регулярно используется как в научных исследованиях, так и в клинических исследованиях заболеваний, характеризующихся высоким уровнем генетической изменчивости и гетерогенности, таких как рак. Однако, несмотря на то, что метод секвенирования РНК становится все более доступным и распространенным, он сталкивается с техническими препятствиями, которые могут помешать ученым получить необходимые им высококачественные данные. РНК в большей степени чем ДНК, подвержена химическому, физическому или ферментативному разрушению.
Дело осложняется тем, что ученые, проводящие исследования заболеваний, используют в качестве источников РНК клинические образцы тканей. Эти образцы обычно фиксируются в формалине и заливаются в парафин (FFPE) - процесс, который сохраняет целостность образца в течение длительного времени для иммуногистохимического анализа, но может привести к деградации РНК.
Ученые разрабатывают протоколы подготовки библиотек РНК, реагентов и наборов, адаптированных к образцам FFPE, чтобы устранить это узкое место. Так, компания Twist Bioscience предлагает набор для быстрой подготовки библиотеки, предназначенный для работы с FFPE и другими образцами с низким уровнем входных данных, который занимает от начала до конца всего 4,5 часа.
Протокол данного набора включает необязательный этап удаления рибосомной и глобиновой РНК, оставляя только матричную РНК. Он также включает нуклеотиды dUTP во время синтеза второй цепи, что позволяет ученым проследить амплифицированные последовательности до исходных цепей.
Набор для подготовки библиотеки РНК Twist предназначен для того, чтобы стать важным первым шагом в процессе секвенирования РНК, и поэтому предназначен для использования в сочетании с другими решениями для обогащения мишеней, такими как панель RNA Exome panel (обогащение всего транскриптома) или панель RNA Fusion (нацеливание на специфические гены, связанные с раком). Наконец, Twist Bioscience также может разрабатывать индивидуальные панели для ученых с учетом их уникального применения и цели.