Нет, он уже встроен в системах секвенирования DNBSEQ-G99.
Вопросы и ответы
Добро пожаловать на нашу страницу с часто задаваемыми вопросами!
Здесь вы найдете ответы на наиболее популярные вопросы о генетическом секвенаторе DNBSEQ-G99. Если у вас возникнут дополнительные вопросы, не стесняйтесь обращаться к нам!
Ответы на вопросы
Да. Системы секвенирования APP-C SE100 и APP-C PE150 разработаны под DNBSEQ-G99, и они могут конвертировать библиотеки адаптеров TruSeq и Nextera в совместимые DNB (ДНК на наносферах). В системах секвенирования APP-C реализованы также праймеры вставок и праймеры со штрих-кодом, которые не нужно добавлять вручную.
Две проточные ячейки (A и B) функционируют независимо одна от другой, с возможностью выполнения множественных экспериментов одновременно или по отдельности. Обе проточные ячейки могут также работать одновременно при разных значениях длины считывания. После того, как одна из проточных ячеек завершит выполнение секвенирования, она может сразу выводить данные в формате FASTQ, без необходимости дожидаться завершения выполнения задания второй проточной ячейкой.
Пропускная способность одной проточной ячейки составляет 80 M считываний, а на одно выполнение в DNBSEQ-G99 можно загружать до 2 проточных ячеек. Рекомендуются следующие приложения (методы, помеченные звездочкой *, являются рекомендованными базовыми приложениями):
| Метод | Приложение | Длина считывания | Вывод данных | Количество образцов на выполнение |
|---|---|---|---|---|
| * Целевой захват / Мультиплексная ПЦР | Онкологическая панель | PE150 | Малая панель: ~ 1 Гб / образец | 24 / проточную ячейку (ПЯ), 48 / выполнение |
| Малая панель наследственных заболеваний (талассемия, глухота и т.п.) | PE150 | Талассемия: ~ 0,2 Гб считываний / образец Глухота: ~ 5 Гб / образец |
4 / ПЯ, 8 / выполнение | |
| Панель ATOPlex (респираторное заболевание, SARS-CoV-2 и т.п.) | PE100 / PE150 | Панель респираторных заболеваний: 5 М считываний / образец Панель Ковид-19: 5 М считываний / образец |
16 / ПЯ, 32 / выполнение | |
| * Анализ метилирования | Полноэкзомное секвенирование (WES) | PE150 | ~ 15 Гб / образец | 1-2 / ПЯ, 2-4 / выполнение |
| Таргетная онкологическая панель метилирования | PE150 | ~ 5 Гб / образец | 4 / ПЯ, 8 / выполнение | |
| * Секвенирование малых геномов | Метагеномика для выявления патогенов | SE50, SE100 | Мета: ~ 20 М считываний / образец | 4 / ПЯ, 8 / выполнение |
| Микробное полногеномное секвенирование (WGS) | PE100, PE150 | Выделенные бактерии: ~ 1 Гб / образец | 16-24 / ПЯ, 32-48 / выполнение | |
| Полногеномное секвенирование с малой глубиной | Неинвазивное предродовое тестирование (NIPT) | SE50 | NIPT/PGS: ~ 10 М считываний / образец | 8 / ПЯ, 16 / выполнение |
| Преимплантационный генетический скрининг (PGS) | SE50 | ~ 10 М считываний / образец | 8 / ПЯ, 16 / выполнение | |
| Секвенирование РНК | Определение профиля экспрессии | SE50 / PE100 / PE150 | ~ 1 Гб / образец | 4 / ПЯ, 8 / выполнение |
| Транскриптома | SE50 / PE100 / PE150 | ~ 8 Гб / образец | 2-3 / ПЯ, 4-6 / выполнение |
Для этого есть 3 причины:
- В системе секвенирования DNBSEQ-G99 используется схема предварительно загруженного картриджа реактивов. Дополнительные реактивы можно добавлять простой операцией «нажатия для загрузки». Секвенирование и очистка картриджей также объединены в схеме 2 в 1, и очистка запускается автоматически после выполнения цикла секвенирования без необходимости ручного вмешательства.
- В DNBSEQ-G99 может добавляться факультативный встроенный модуль биоинформатики, который обеспечивает интеграцию секвенирования и анализ результатов за один раз.
- Пользовательский интерфейс разработан таким образом, чтобы направлять пользователя посредством интуитивных иконок и анимации.
Есть 3 фактора, которые обеспечивают это:
- В проточной ячейке G99 используется структура матрицы с треугольной конфигурацией с межшаговым расстоянием 600 нм, что позволяет достигать большей плотности точек на единицу площади. Для облегчения визуализации проточной ячейки в DNBSEQ-G99 добавлены усовершенствованные оптические модули, позволяющие преодолеть пределы дифракции света. Это помогает увеличить пропускную способность канала передачи данных, при одновременном сокращении площади визуализации и времени.
- В DNBSEQ-G99 реализована инновационная биохимия, обеспечивающая супербыстрое значение 2 мин/цикл. На этапе инкорпорации требуется всего 10 с для флуоресцентной реакции, при быстром достижении установления уровня. На этапе расщепления для быстрой инкубации нужно лишь 22 с.
- В DNBSEQ-G99 интегрирована система быстрого температурного контроля, позволяющая достигать скорости нагрева до 10 ℃/с, что примерно в 1,5 раза быстрее, чем на обычном приборе ПЦР.
SE50 ~ 3 ч (одинарное штрихкодирование), SE100 ~ 5 с (одинарное штрихкодирование), PE100 ~ 9 ч (одинарное штрихкодирование), PE150 ~ 12 ч (одинарное штрихкодирование).
9 сентября 2022 года .
Имеется две модели – DNBSEQ-G99RS и DNBSEQ-G99ARS, которые поступают, соответственно, со встроенным модулем биоинформатики и без него
Имеется две модели только для исследовательских целей (RUO) :@DNBSEQ-G99RS, не включающая модуль биоинформатики, с выводом файлов FASTQ.@DNBSEQ-G99ARS, которая содержит модуль биоинформатики и может автоматически запускать анализ биоинформатики, включая PFI, MetargetCOVID, MGAP, Flu track и другие биоинформационные процессы MGI